Nakon žalbenog postupka Inter-Zaprešić i Orijent 1919 dobili su licencu za HT Prvu ligu za sezonu 2020./21. Kod Intera su bila sporna financijska dugovanja, a iako bivši trener Samir Toplak tvrdi da obveze prema njemu nisu u potpunosti izmirene Div iz predgrađa dobio je licencu za najviši rang natjecanja. Sad im preostaje na zelenom travnjaku pokušati izboriti ostanak u HT Prvoj ligi.
>> Inter Zaprešić bez licenci za Prvu i Drugu HNL, Šibeniku licenca za elitno društvo
Orijent 1919 je pak imao problema s infrastrukturnim uvjetima obzirom da stadiona na Krimeji kao i Kantrida koju su prvotno bili prijavili kao zamjenski stadion ne zadovoljava uvjete za Prvu HNL. Naposljetku je licenca dodijeljena, ali ne za navedene stadione nego za Stadion HNK Rijeke na Rujevici što znači da će Orijent 1919 kvalifikacije za popunu HT Prve lige 2. i 5 kolovoza igrati protiv devetoplasirane momčadi Prve HNL.
Kad je Druga HNL u pitanju licencu su nakon žalbenog postupka dobili aktualni drugoligaši Dugopolje, Solin, Hrvatski dragovoljac i Rudeš dok su od aktualnih trećeligaša nakon žalbe licencu dobili Marsonia, Mladost Petrinja i Opatija, a prethodno je ista dodijeljena Belišću, Junaku i Lučkom što znači da će se igrati i kvalifikacije za popunu Druge HNL za sezonu 2020./21. U njima će na osnovu rezultata u prekinutim prvenstvima sudjelovati Junak, Opatija, Marsonia i Mladost Petrinja, a u viši rang će dva kluba. Od trećeligaša licencu za Drugu HNL nakon žalbenog postupka nisu dobili Graničar Županja, Jarun, Mladost Ždralovi, Vinogradar, Vrbovec, Zadar i Zrinski Jurjevac.
Kad je ženski nogomet u pitanju ove sezone se provodio postupak licenciranja za UEFA Ligu prvakinja. Nakon završetka prvog stupnja ista je dodijeljena ŽNK Dinamu dok je nakon žalbenog postupka licencu dobio i ŽNK Split te ŽNK Osijek.
